Naukowa Fundacja Polpharmy otrzymała tytuł honorowy Niezawodny Przyjaciel Ludzi Nauki: Medycyny i Farmacji. Zaszczytne wyróżnienie przyznała Izba Gospodarcza „Farmacja Polska” i Gazeta Farmaceutyczna, za konsekwentne, od 10 lat wspieranie rozwoju nauk medycznych i farmaceutycznych oraz polskich naukowców.
Fundacja otrzymała nagrodę specjalną Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego w uznaniu zasług dla rozwoju nauk farmaceutycznych. Uroczyste wręczenie nagrody odbyło się podczas otwarcia XXI Zjazdu Naukowego Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego, 12 września w Gdańsku.
Naczelna Izba Aptekarska przyznała Fundacji tytuł Mecenasa Samorządu Aptekarskiego. Wyróżnienie zostało przyznane za działania Fundacji na rzecz rozwoju nauk farmaceutycznych oraz programy wsparcia dla młodych naukowców.
Fundacja otrzymała Perłę Honorową w kategorii krzewienia wartości społecznych przyznawaną w konkursie organizowanym przez Polish Market i Instytut Nauk Ekonomicznych PAN. Nagrody zostały wręczane podczas uroczystej gali, 21 listopada, w Zamku Królewskim.
Decyzją czytelników Tygodnika Wieczór, Fundacja została laureatem VI edycji plebiscytu Orzeł Pomorski 2007 w kategorii działalność społeczna. Uroczystość wręczenia statuetek odbyła się 8 kwietnia w Dworze Artusa.
Fundacja została zwycięzcą VII edycji konkursu Sukces Roku 2006 w Ochronie Zdrowia - Liderzy Medycyny w kategorii działalność edukacyjno-szkoleniowa organizowanego przez wydawnictwo Termedia. Nagrodą została przyznana za szczególny wkład Fundacji w rozwój edukacji i nauki. Ogłoszenie wyników konkursu, wręczenie nagród i statuetek odbyło się 14 grudnia w Sali Wielkiej Zamku Królewskiego.