W 1935 r. w Starogardzie Gdańskim została założona Fabryka Chemiczno-Farmaceutyczna Polpharma. Podczas II wojny światowej, w czasie walk o wyzwolenie Pomorza zakład uległ dotkliwemu zniszczeniu.

W latach 1945-1949 prowadzono odbudowę zburzonych budynków. Pierwszym preparatem, którego produkcję uruchomiono po wojnie była woda redestylowana w ampułkach.

W 1951 r. Polpharma została przekształcona w Starogardzkie Zakłady Farmaceutyczne, a osiem lat później włączona w skład Zjednoczenia Przemysłu Farmaceutycznego „Polfa”. Do swojej historycznej nazwy firma powróciła 1 grudnia 1995 r., kiedy przekształcono ją w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa pod marką Polpharma SA.

20 lipca 2000 r. firma została sprywatyzowana. Głównym udziałowcem została polska spółka Spectra Holding.

W 2001 r. powołano Biuro Handlowe Polpharma w Warszawie, odpowiedzialne za promocję i sprzedaż leków.