Działalność produkcyjna Polpharmy jest prowadzona głównie w Starogardzie Gdańskim, w obiektach spełniających wymogi Dobrej Praktyki Wytwarzania (Good Manufacturing Practice – GMP). Firma stosuje nowoczesne technologie, które zapewniają bezpieczeństwo produktów, pracowników oraz środowiska naturalnego.

Polpharma produkuje rocznie około 200 milionów opakowań leków. W jednej z największych i najnowocześniejszych fabryk farmaceutycznych w Europie firma wytwarza stałe formy leków, takie jak tabletki, tabletki powlekane, tabletki musujące, drażetki, kapsułki. Możliwości produkcyjne form stałych wynoszą
6 miliardów jednostek rocznie. Pełna hermetyzacja produkcji pozwala na ochronę leków przed ewentualnymi zanieczyszczeniami, a także ochronę pracowników przed kontaktem z substancjami chemicznymi.

Polpharma jest również producentem leków parenteralnych. Wytwarza preparaty do iniekcji w opakowaniach polietylenowych i ampułkach szklanych, krople do oczu, krople do nosa, a także płyny infuzyjne oraz płyny do stosowania zewnętrznego. W 2005 roku firma rozpoczęła produkcję w nowym budynku ampułkarni, który został zbudowany zgodnie z najsurowszymi wymaganiami cGMP dla produkcji sterylnej.

Oprócz gotowych form leków Polpharma wytwarza aktywne substancje farmaceutyczne. Łączna pojemność reaktorów firmy wynosi 320 000 litrów. Obiekty do produkcji substancji farmaceutycznych są poddawane regularnym inspekcjom FDA. Instalacje do produkcji substancji oraz form gotowych posiadają certyfikaty GMP wydane przez Głównego Inspektora Farmaceutycznego. Firma świadczy także usługi w zakresie produkcji kontraktowej, zarówno w obszarze leków, jak i substancji farmaceutycznych.